Pendidikan formal (madrasah/sekolah) yang diselenggarakan di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata berjenjang mulai dari jenjang dasar hingga jenjang menengah atas, meliputi : PAUD, MI, MTs. MA, dan MDU, Keberadaan lembaga-lembaga tersebut membutuhkan wadah yang menjamin kualitas pendidikan di madrasah.

Maka dibentuklah pengawas madrasah dengan nama Dewan Madrasiyah. diawal berdirinya Dewan Madrasiyah disamping berfungsi sebagai fasilitator dari lembaga-lembaga naungan, juga menjadi pusat kebijakan pendidikan di madrasah, baik kurikulum dan pembelajaran, manajemen serta sistem keuangan. Hal ini terus berlangsung hingga periode ke 4 kepemimpinan, tepatnya tahun 2009.

Pada akhir masa jabatan periode ke 4 dibentuklah Tim 9 untuk merumuskan kembali tugas pokok dan fungsi Dewan Madrasiyah yang menghasilkan kebijakan bahwa Dewan Madrasiyah berfungsi sebagai fasilitator, mediator dan supervisor dari semua lembaga pendidikan formal di Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata-Bata.

Kebijakan tersebut dijalankan oleh pengurus periode ke 5 sampai saat ini, lembaga yang berada di bawah naungan Dewan Madrasiyah antara lain : Madrasah Ibtidaiyah Mambaul Ulum I Bata-Bata (MIMU I), Madrasah Ibtidaiyah Mambaul Ulum III Bata-Bata (MIMU III), Madrasah Diniyah Ula (MDU), Madrasah Tsanawiyah (MTs), Madrasah Aliyah (MA), dan Sekolah Menengah Kejuruan (SMK).