Dewan Ma’hadiyah merupakan Instansi yang secara khusus memiliki tugas merencanakan, mengorganisasikan, dan bertanggung jawab atas semua kegiatan di asrama Pondok Pesantren Mambaul Ulum Bata–Bata, kegiatan tersebut meliputi Bidang Pendidikan dan Pengajaran baik yang diselenggarakan secara terpusat maupun yang tersebar di Daerah-Daerah (Asrama), Bidang Ubudiyah, Bidang Pengembangan Bakat dan Minat yang dikelola melalui Badan Otonom, serta program-program yang lain yang langsung dikoordinasikan oleh Ketua Umum Dewan Ma’hadiyah.

Dalam menjalankan tugasnya Ketua Umum Dewan Ma’hadiyah, dibantu oleh dua ketua, yang sama-sama memiliki tanggung jawab dalam membawahi beberapa kepala bidang, dan kepala bidang membawahi beberapa kepala seksi. Sehingga garis organisasi yang diciptakan demikian diharapkan mampu mensinergikan hirarki organisasi dan mempermudah dalam melaksanakan, mengontrol dan mengevaluasi kegiatan dari semua kepala seksi dan kepala bidang yang dimaksud.